Masa Kelahiran - 誕生時期
Sekolah Methodist 2 bernaung di bawah Gereja Methodist berbahasa Tionghoa (GMI Bethlehem) Palembang. Atas dorongan dari Central School Committee (badan pendidikan di GMI), Gereja Methodist berbahasa Tionghoa yang dipimpin Pdt. Tan Peng Koen membuka Taman Kanak-Kanak (TK) pada tahun 1952. TK ini dimulai di Jl. Talang Jawa Lama No. 18 (sekarang menjadi Jl. Kol. Atmo No. 422) di atas sebidang tanah yang luasnya 857 meter persegi. Pada tahun 1958 dibuka SR (Sekolah Rakyat) oleh Pdt. Yap Tian Ping, gembala sidang GMI berbahasa Tionghoa (1958-1970) dan merangkap sebagai kepala sekolah selama lebih kurang lebih 13 tahun. Setelah memenuhi persyaratan yang dibutuhkan maka Bupati Kepala Pemerintahan Umum Kotapraja Palembang memberikan izin operasional kepada TK dan sekaligus SD pada tanggal 26 Nopember 1958 dengan Nomor 44/KP/PP/1958 dan 45/KP/PP/1958. Pada tahun 1965, ketika masa Pdt. Yap Tian Ping sebagai pimpinan jemaat GMI berbahasa Tionghoa, gereja membeli sebidang tanah persis di seberang bangunan lama (kini Jl. Kol. Atmo 450) seluas 2.931 m2 dan membangun gedung permanen berukuran 56 m x 8 m yang terdiri dari 7 lokal belajar, di mana bangunan ini baru dibangun satu lantai dari tiga lantai yang direncanakan.
Masa Perkembangan - 成長時期
Masa ini ditandai dengan pelebaran sayap pelayanan Sekolah Methodist 2 Palembang. Hengki Pasaribu selaku Kepala TK dan SD bersama dengan BPS (Badan Penyantun Sekolah) dan Majelis Gereja Methodist Berbahasa Tionghoa, mulai memikirkan ke mana lulusan SD ini akan melanjutkan sekolah. Oleh sebab itu didirikanlah SMP Methodist 2 pada tanggal 10 Januari 1974 dengan 21 siswa dan lima orang guru, yaitu: William Lukas (Kepala Sekolah), Wakijan, K. Basuki, B.Th., Adi Sukarno, Surya Darma. Hengki Pasaribu ternyata tidak dapat lama menjabat Kepala Sekolah dikarenakan persyaratan akademis yang kurang memenuhi standar dari Dinas Pendidikan, oleh sebab itu jabatan Kepala Sekolah digantikan oleh William Lukas pada tanggal 13 Mei 1974. Pada tahun 1977, diadakan bazar sekolah dalam rangka mencari dana untuk melengkapi alat-alat laboratorium dan perpustakaan sekolah serta mendirikan koperasi sekolah untuk pengadaan sembako guru karyawan. Pada tanggal 16 Nop 1977 diresmikan 7 ruang kelas lantai 2 (lantai 1 dibangun tahun 1965) oleh Bishop H. Sitorus, S.Th. Sebagai kepala TK, SD, dan SMP, sekaligus menjabat Pimpinan Perguruan, William Lukas, dengan dukungan BPS dan orang tua siswa lulusan SMP tahun 1979, mendirikan SMA dengan 144 siswa, 3 kelas, dan diasuh oleh 12 orang guru (Ellyana Liemarno, S.H.; Sujawo, B.A.; Dra. Nurlaila R; Dra. Natijah S; Yulianti R, B.A.; Djumadin Syafril; T. Soemarno; Isnaini Saul; Hermanuddin RZ; Ijanawati; Amat Makruf; Erika Sitompul) dan Ellyana Liemarno, S.H., ditetapkan menjadi Kepala SMA.
Masa Pendewasaan - 成熟時期
Banyak prestasi puncak dicapai pada masa ini. Tahun 1980 jumlah siswa SD mencapai 1.868 orang dan SMP mencapai 816 orang! Jumlah seluruh siswa saat itu lebih dari 3.000 orang! Masa ini juga ditandai dengan pesatnya pembangunan beberapa gedung permanen. 11979: Gedung 3 lantai (23,5m x 10m), lantai 1: ruang aula, lantai 2 & 3: ruang kelas. 21979-1980: Gedung 4 lantai (10m x 4m), menyambung aula (lantai 1: koperasi dan kantin; lantai 2: ruang kepala sekolah dan TU; lantai 3: ruang keuangan; lantai 4: bimbingan penyuluhan). Kedua gedung ini diresmikan oleh Bishop H. Sitorus, S.Th. (25 April 1981). 31982: Pembongkaran pastori gereja lama (Jl. Kol. Atmo 422) dan membangun gedung 4 lantai (20m x 18m), lantai 1: ruang kelas TK dan chapel anak-anak; lantai 2: lima ruang belajar SD; lantai 3: pastori, kantor gereja dan chapel remaja/pemuda; lantai 4: ruang terbuka. Gedung ini diresmikan oleh Bishop J. Gultom, M.Th. (5 Oktober 1986). 41987: kembali membangun 7 ruang kelas di lantai 4 dari gedung di Jl. Kol. Atmo 450, yang dibangun tahun 1965, 1977, 1978. 51991: Gedung 4 lantai (25m x 11m) di Jl. Kol. Atmo 450, lantai 1: laboratorium Fisika dan Biologi; lantai 2: ruang pimpinan, kepala sekolah, guru dan TU; lantai 3: ruang perpustakaan dan komputer; lantai 4: ruang pertemuan dan ketrampilan. Gedung ini diresmikan oleh Bishop H. Panggabean, M.A. (14 Maret 1991). Selain sarana gedung, maka untuk mendukung kesejahteraan guru karyawan, maka dibentuklah “Koperasi Kredit Methodist II” pada tanggal 30 April 1984 dengan anggota awal sebanyak 82 orang guru dan karyawan.
Masa Penataan I - 調整之一時期
Masa ini ditandai berbagai pembenahan administrasi untuk menghadapi tantangan di dunia pendidikan. Saat ini sekolah memiliki gedung berlantai 4 di dua lokasi yang saling berhadapan dengan 45 ruang kelas. Berbagai fasilitas belajar juga sangat memadai: perpustakaan dengan predikat terbaik tingkat provinsi, lab. fisika, kimia dan biologi, 2 unit lab. komputer, 2 unit lab. bahasa, aula sekolah, lapangan olahraga, dll. Untuk menata hubungan kerja yang lebih harmonis, maka sekolah menerbitkan buku peraturan kerja pada tanggal 15 Juli 2002. Dalam bidang kerohaniaan, selain kebaktian siswa, juga telah dibentuk pengurus persekutuan guru dan karyawan (2 Pebruari 2002) dan mengadakan retreat yang pertama guru dan karyawan, dengan tema: Deeper in Love (15-16 Maret 2002) di Resort Bukit Golf Palembang. Dalam hubungan dengan gereja induk, maka bertempatan dengan bulan pendidikan di MPK (Majelis Pendidikan Kristen) di Indonesia, diadakanlah Minggu PKMI-2 yang perdana di GMI Bethlehem dengan pengkhotbah GI. Sadikin Gunawan, pada tanggal 26 Mei 2002. Pada tahun 2003 dibangun tambahan gedung di atas toilet TK-SD, 3 tingkat (ruang perpustakaan, ruang doa, ruang multimedia mini). Dan sejak tahun ajaran 2003/2004 sekolah juga telah menggunakan sistem komputerisasi untuk penerimaan SPP. Pada masa ini juga diterbitkan buku sejarah PKMI-2 Palembang dan dicetak sebanyak 300 eksemplar, dengan judul “Meniti Sejarah Perkembangan dan Pengabdian di Dunia Pendidikan.” Buku ini diterbitkan bersamaan dengan Bulan Pendidikan dan Minggu PKMI-2 Palembang, 23 Mei 2004. Masa ini sekolah juga telah memulai pembelajaran fisika berbasis multimedia untuk menunjang Kurikulum Berbasis Kompentensi (KBK) 2004.
Masa Penataan II - 調整之二時期
Sekolah Methodist 2 mulai mempromosikan diri dengan berbagai kegiatan kepada masyarakat umum, seperti Methodist 2 Go Green (2009), Methodist 2 Cup (2010), Methodist 2 Expo (2011), Methodist 2 Oriental Competition (2012, 2014), Methodist 2 Basket Ball Competition (2012), Methodist 2 Kids Day (2013). Pada masa ini diadakan retreat guru-karyawan yang kedua (6-8 September 2010) di Villa Hijau Curup dan trip ke Bengkulu. Kebersamaan guru-karyawan terus dibangun dengan karya wisata ke Malaysia & Thailand (17-22 Nopember 2011) dan ke Bangkok & Pattaya (29 Oktober-2 Nopember 2013). Dari segi kualitas, tahun 2008 SMP dan SMA Methodist 2 mendapatkan predikat akreditasi dengan nilai A (Amat Baik) dari Badan Akreditasi Provinsi Sumsel. Dari segi fasilitas, sekolah mulai memasang CCTV, AC, dan LCD, dihampir setiap kelas dan ruangan. Pada masa ini juga diadakan kegiatan reuni yang bekerja sama dengan sekolah antara lain: Reuni SD Tamatan Tahun 1983 di John Wesley Hall dan di Selebriti Restaurant (28 Mei 2010); reuni Akbar SMP dan SMA“Lamo Dak Besuo” di PKMI-2 Palembang dan di The Jayakarta Hotel (18 September 2010) yang diikuti oleh sekitar 500 alumni. Tanggal 6 Mei 2012 dalam Minggu PKMI-2 di GMI Bethlehem, diperingati 60 tahun PKMI-2 dan diluncurkan buku sejarah sekolah edisi revisi. Pada tahun 2014, tim Basket Putri SMA berhasil menjadi juara Honda DBL 2014 South Sumatra Series. Untuk meningkatkan SDM sekolah, pada tanggal 21 April 2014, pimpinan perguruan (Pdt. Sadikin Gunawan) bertemu dengan Rektor College of Chinese Language and Culture Jinan University (Mr. Shao Yi) di Guangzhou, China, untuk menjalin hubungan kerjasama dibidang pendidikan. Terobosan baru juga ditorehkan pada masa ini yaitu pendirian SMK dengan dua jurusan: Teknik Komputer Jaringan (TKJ) dan Manajemen Bisnis dan pemasaran, dengan jumlah siswa 67 orang dan kepala SMP, Andar Rusnawan, S.Pd., dengan dibimbing oleh 17 orang guru.